食品经营许可证在食品药品监督管理部门办理。
食品经营许可证的办理流程一般如下：
1、准备申请材料：包括企业法人营业执照、法定代表人身份证、经营场所租赁合同或产权证明、从业人员健康证明等材料；
2、申请人前往当地的食品药品监督管理部门或者工商行政管理部门申请，填写相关申请表格，提交申请材料；
3、食品药品监督管理部门核查申请材料，进行现场检查，对经营场所、设施、设备、卫生等方面进行检查；
4、如检查结果符合要求，食品药品监督管理部门会对申请进行许可证发放；
5、工商行政管理部门对持证者经营场所、食品标签、广告宣传等进行监管和检查，对于经营者存在违规经营行为的，可以对其进行处罚或者吊销许可证。
办理食品经营许可证需要的材料一般包括以下几项：
1、企业法人营业执照或者个体工商户营业执照；
2、法定代表人身份证或者经营者身份证明；
3、经营场所租赁合同或产权证明；
4、从业人员健康证明；
5、食品标签、包装、广告等相关材料；
6、进货、销售、库存等方面的证明材料；
7、其他可能需要提供的各类证明或者申请表格等。
综上所述，不同地区和不同机构对于材料的要求可能会有所不同，建议在申请前仔细了解当地的规定和要求，以免影响申请结果。同时，在提交申请材料时，申请人需要确保材料的真实性和准确性，以便于顺利取得食品经营许可证。
【法律依据】：
《中华人民共和国食品安全法》第三十五条
国家对食品生产经营实行许可制度。从事食品生产、食品销售、餐饮服务，应当依法取得许可。但是，销售食用农产品，不需要取得许可。县级以上地方人民政府食品药品监督管理部门应当依照《中华人民共和国行政许可法》的规定，审核申请人提交的本法第三十三条第一款第一项至第四项规定要求的相关资料，必要时对申请人的生产经营场所进行现场核查：对符合规定条件的，准予许可；对不符合规定条件的。不予许可并书面说明理由。