不一样，食品流通许可证和食品经营许可证的区别在于
：1、法律效力不同。食品流通许可证已经被取消，不具备法律效力。食品经营许可证是现行使用的许可证。
2、管理部门不同。食品流通许可证最早由工商部门管理，而食品经营许可证是由食药监部门管理。
3、办理营业执照不同。食品流通许可证可以在营业执照办理之后办理，而食品经营许可证必须在取得营业执照之前办理。
办理食品流通许可证的费用
1：食品流通许可证；办理食品流通许可不收取费用(北京市《如何办理食品流通许可》）。
2：食品流通许可证；检验费用： 按照各省标准执行。
3：食品流通许可证；咨询服务费用:按咨询机构标准执行,一般为1.5-1.8万元。包括企业标准备案咨询费用
法律依据
《食品经营许可管理办法》
第二条 在中华人民共和国境内，从事食品销售和餐饮服务活动，应当依法取得食品经营许可。 食品经营许可的申请、受理、审查、决定及其监督检查，适用本办法。
第一条 为规范食品经营许可活动，加强食品经营监督管理，保障食品安全，根据《中华人民共和国食品安全法》《中华人民共和国行政许可法》等法律法规，制定本办法。
第三条 食品经营许可应当遵循依法、公开、公平、公正、便民、高效的原则。
第四条食品经营许可实行一地一证原则，即食品经营者在一个经营场所从事食品经营活动，应当取得一个食品经营许可证
第九条 申请食品经营许可，应当先行取得营业执照等合法主体资格。
企业法人、合伙企业、个人独资企业、个体工商户等，以营业执照载明的主体作为申请人。
机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位、企业等申办单位食堂，以机关或者事业单位法人登记证、社会团体登记证或者营业执照等载明的主体作为申请人。