您这种情况应该已经被认定成为了非正常户，并且您的私营公司的税务登记证很可能已经被吊销，建议您咨询一下您当时办理税务登记证所在地的办税服务厅，如果税务登记证已经被吊销，要续用此公司名称，需要重新办理税务登记。如果您的私营企业以前有欠缴税款没有向税务机关缴清，每日按欠缴税款的万分之五加收滞纳金。

根据《税务登记管理办法》第四十条 已办理税务登记的纳税人未按照规定的期限申报纳税，在税务机关责令其限期改正后，逾期不改正的，税务机关应当派员实地检查，查无下落并且无法强制其履行纳税义务的，由检查人员制作非正常户认定书，存入纳税人档案，税务机关暂停其税务登记证件、发票领购簿和发票的使用。
第四十一条 纳税人被列入非正常户超过三个月的，税务机关可以宣布其税务登记证件失效，其应纳税款的追征仍按《中华人民共和国税收征管法》及其《实施细则》的规定执行。

分为两种情况：
一：如果是当天处理的话，相对来说就容易，因为当天的税款，虽然银行已扣款，但税额到次天才会入国库，可以到带相关证明（能够证明已申报的增值税是错误的相关资料）到管辖贵公司的国税税局前台请求删除当天的申报。（最好打电话或上门咨询，全国的税务电话都是一样的12366，因为地方不一样，地方税局的要求也可能略有不同，如是属于下面那种，最好也先咨询当地税局）
二：如果已经超过一个工作，处理就麻烦，因为这时撤消已扣款入库的申报，是属于一种特殊的“退税”，退税流程，是要经过税收管理人员审批，还要上面审批，提供相关资料，要查账，这些都是正常的流程。。（当然，如果上面有人，流程简单。。你懂。。）