其一，大家应该了解，目前在防伪税控系统网络版中有双向比对功能，即：通过认证环节将要认证的抵扣联数据与失控发票数据进行自动比对，发现属于失控发票的抵扣联（该类发票称为“认证时失控发票”）；通过每天新增的失控发票数据与前期已认证相符的抵扣联数据自动比对，发现属于失控发票的抵扣联（该类发票称为“认证后失控发票”）。
具体是：
1、纳税人使用增值税专用发票抵扣联信息企业端采集系统进行网上认证时，认证结果下发后系统自动将认证的抵扣联数据与失控发票数据进行自动比对，属于失控发票的，系统将认证结果记录为“认证时失控发票”。
2、通过每天新增的失控发票数据、撤消失控发票数据与前期已认证相符的抵扣联数据自动比对，发现属于失控发票的抵扣联，系统将认证结果记录为“认证后失控发票”。
对于认证系统发现的“认证时失控发票”和“认证后失控发票”经检查确属失控发票的，不得作为增值税扣税凭证。税务机关会移送稽查部门作为案源进行查处。经税务机关检查确认属于税务机关责任以及技术性错误造成的，允许作为增值税进项税额的抵扣凭证；不属于税务机关责任以及技术性错误造成的，不得作为增值税进项税额的抵扣凭证。
其二，购买方主管税务机关对认证发现的失控发票，应按照规定移交稽查部门组织协查。属于销售方已申报并缴纳税款的，可由销售方主管税务机关出具书面证明，并通过协查系统回复购买方主管税务机关，该失控发票可作为购买方抵扣增值税进项税额的凭证。
其三，关于走逃（失联）企业开具增值税专用发票的处理，增值税一般纳税人取得此类异常凭证，尚未申报抵扣或申报出口退税的，暂不允许抵扣或办理退税；已经申报抵扣的，一律先作进项税额转出；已经办理出口退税的，税务机关可按照异常凭证所涉及的退税额对该企业其他已审核通过的应退税款暂缓办理出口退税，无其他应退税款或应退税款小于涉及退税额的，可由出口企业提供差额部分的担保。经核实，符合现行增值税进项税额抵扣或出口退税相关规定的，企业可继续申报抵扣，或解除担保并继续办理出口退税。
对于接受的认证后失控发票，由于公司未收到税务机关通知，因而无法得知所取得的有关发票已经失控，未及时对这些发票作进项转出处理。在以后期间收到税务机关通知，对这些发票作进项转出处理，修改相应所属期的增值税申报表时，部分税务机关要求补缴税款并加收滞纳金。
现行《税收征管法》第三十二条规定：纳税人未按照规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。第五十二条规定：因纳税人、扣缴义务人计算错误等失误，未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以追征税款、滞纳金。
参考《国家税务总局关于纳税人善意取得虚已抵扣税款加收滞纳金问题的批复》（国税函[2007]1240号）规定：纳税人善意取得虚开的增值税专用发票被依法追缴已抵扣税款的，不属于税收征收管理法第三十二条“纳税人未按照规定期限缴纳税款”的情形，不适用该条“税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金”的规定。
从上述规定来看，对于企业取得失控发票如果已经申报抵扣的，一律先作进项税额转出，由税务机关依法追缴已抵扣税款，但是加收滞纳金却缺少法律依据。