在公司的经营过程中，凭证是比较常见的，一般的凭证是可以进行抵扣的，但是有时候企业会收到一些异常凭证，遇到这种情况的话要怎么处理呢？不知道的话，让淘钉财税小编来告诉你吧！

一、一般纳税人取得异常凭证后税务机关会怎么处理？

增值税一般纳税人取得的异常增值税扣税凭证按不同情形区分处理：

1、增值税一般纳税人取得异常凭证，尚未申报抵扣或申报出口退税的，暂不允许抵扣或办理退税；

2、已经申报抵扣的，一律先作进项税额转出；

3、已经办理出口退税的，税务机关可按照异常凭证所涉及的退税额对该企业其他已审核通过的应退税款暂缓办理出口退税，无其他应退税款或应退税款小于涉及退税额的，可由出口企业提供差额部分的担保。

4、经核实，符合现行增值税进项税额抵扣或出口退税相关规定的，企业可继续申报抵扣，或解除担保并继续办理出口退税。

二、一般纳税人取得异常凭证后怎么保护自身权益？

上述淘钉财税小编说的是税务机关对于异常凭证的处理办法，接下来淘钉财税小编告诉大家作为纳税人自己要怎么保护自己的合法权益，总的来说有两种方式：

1、妥善沟通主管税务机关

对于存在真实交易行为的一般纳税人，可以提供相关证据向主管税务局提出自身合法诉求，充分争取适用税务总局有关善意取得增值税专用发票的规定，从而不缴纳滞纳金，相关发票不再进行企业所得税调增。

如果主管税务机关坚持进项税额转出并加收滞纳金，企业可以考虑是否提起税务行政复议以及后续的行政诉讼，毕竟主管税务机关仅凭相关名单就做出行政处理处罚，在证据采集上是存在瑕疵的，那么企业就有希望通过司法途径继续维护自身权益。

2、及时起诉对方公司

一般而言，收款方开具发票是交易合同的附属义务，即便交易合同未明确规定，购买方也有权要求对方开具合法有效的发票。受害企业通过提起诉讼，在合同、银行付款凭证等证据支持下，法院一般会要求被告完整履行合同义务。如果对方拒不履行法院生效文书，受害企业可以申请强制执行，将对方企业列入失信名单，通过限制其法定代表人进行高消费来实现实现警示作用。如果对方企业属于认缴出资，而且企业拒绝履行相关生效判决，受害企业甚至可以要求其股东赔偿其经济损失，当然要以认缴出资为限。

看了一般纳税人取得异常凭证的处理办法之后，我们再来看一下哪些发票会被列入异常凭证管理范围之内，在平常的使用过程中注意预防。

三、哪些增值税发票会被纳入异常凭证管理？

1、走逃（失联）企业的异常凭证

税务机关依照规定的程序和方法、履行规定的手续后，依法判定为走逃（失联）的企业，发生下列情形之一的，所对应属期开具的增值税专用发票列入异常凭证范围。

（1）商贸企业购进、销售货物名称严重背离的；生产企业无实际生产加工能力且无委托加工，或生产能耗与销售情况严重不符，或购进货物并不能直接生产其销售的货物且无委托加工的。

（2）直接走逃失踪不纳税申报，或虽然申报但通过填列增值税纳税申报表相关栏次，规避税务机关审核比对，进行虚假申报的。

2、税收风险分析评估中发现的异常凭证

发生下列第2种情形，导致税务机关无法实施约谈的，在纳税人主动联系主管税务机关之前，主管税务机关可通过增值税发票系统升级版暂停该纳税人开具发票，并将其取得和开具的增值税发票列入异常凭证范围，录入增值税抵扣凭证审核检查系统。

（1）增值税一般纳税人存在购进、销售货物（服务）品名明显背离，虚假填列纳税申报表特定项目以规避税务机关审核比对等。

（2）电话、地址等税务登记信息虚假无法联系或两次约谈不到。

3、发票开具和纳税申报数据监控发现的异常凭证

税务机关在对纳税人开票数据进行实时监控分析预警中发现下列第一种情形的，或者对增值税纳税申报数据的监控中发现下列第二种情形的，作为异常情形，应及时约谈纳税人。因下列第三种情形，导致无法约谈的，主管税务机关可通过升级版暂停该纳税人开具发票，同时暂停其网上申报业务，将其近60天内（自纳税人最后一次开票日期算起）取得和开具的增值税发票列入异常发票范围，并应在2个工作日内，录入增值税抵扣凭证审核检查系统，开展异常发票委托核查。

（1）纳税人存在购销不匹配、有销项无进项、大部分发票顶额开具、发票开具后大量作废、发票开具金额突增等异常情形。

（2）纳税人当期申报存在未开具发票（或开具其他发票）栏次填报负数；无免税备案但有免税销售额；应纳税额减征额填报金额较大；进项税额转出填报负数；当期农产品抵扣进项占总进项比例较大且与实际经营情况不符；代扣代缴税收缴款凭证、运输费用结算单据等栏填报数额异常等情形。

（3）地址、电话等税务登记信息虚假无法联系或者经税务机关两次约谈不到的。

4、非正常户的失控发票

已办理税务登记的纳税人发生未按照规定的期限申报纳税情形的，在税务机关责令其限期改正后，逾期仍然不改正的，税务机关应当派员实施实地检查程序。对于履行核查手续后，查无下落并且无法强制其履行纳税义务的，由检查人员制作非正常户认定书，存入纳税人档案，认定其为非正常户。对于非正常户所持有的增值税发票，税务机关按照失控发票采集标准，将相关增值税专用发票列入防伪税控系统，实施失控发票管理。

5、稽核比对结果的异常抵扣凭证

在增值税稽核比对中，通过全国增值税专用发票稽核系统产生稽核比对结果为“不符”、“缺联”、“属于作废”的增值税专用发票，列入异常抵扣凭证管理。对于这些异常凭证的判断和处理需要结合不同的情况。

淘钉财税小编在这里要提醒大家在平常的税务问题处理上一定要小型谨慎，避免收到异常凭证的发票，也不要被税务机关列入异常凭证管理之列，如果还有问题的话，可以找淘钉财税小编，小编帮你解决。

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