首先，建立程序性文件是办理ISO9001质量管理体系认证证书的关键步骤。若已有现成的文件，只需确保其符合ISO9001标准要求即可。如若没有，可考虑参加培训或寻求顾问公司的帮助，以便系统、专业地构建体系文件。

建立文件后，下一步是进行内部审核。组织内部需设立审核小组，按照ISO9001标准的要求，对文件和实际操作进行审查，确保体系的有效性和符合性。这一步骤旨在发现并解决潜在问题，为正式的外部审核做好准备。

完成内部审核后，便可以向具备ISO9001认证资质的第三方机构申请外部审核。选择合适的审核机构非常重要，应考虑其专业性、经验以及与组织的匹配度。申请时需提供组织的基本信息、体系文件、内部审核报告等材料，以便审核机构评估。

在审核过程中，第三方机构会通过现场审查、文件审查和与员工的访谈等方式，全面评估组织的质量管理体系。审核通过后，机构将颁发ISO9001质量管理体系认证证书。此证书证明了组织已建立并实施了符合ISO9001标准的质量管理体系。

获得证书后，组织还需进行持续改进和维护，定期进行内部和外部审核，确保体系的持续有效性和适应性。同时，积极利用证书作为提升市场竞争力、加强客户信任的工具，促进组织的长远发展。

综上所述，办理ISO9001质量管理体系认证证书需经过建立文件、内部审核、申请外部审核、审核通过并获得证书等多个环节。整个过程需要组织投入一定的资源和精力，但最终将有助于提升组织的管理水平、市场竞争力以及客户满意度。