食品经营许可证是由食品药品监管部门负责办理的。在申请食品经营许可证时，申请人需要首先到当地县级或以上级别的市场监督管理部门提交申请材料。这些材料通常包括营业执照、食品生产许可证、食品流通许可证和消防安全证明等。同时，还需提供详细的企业食品安全管理制度、质量控制体系和卫生消毒计划，以确保企业符合相关法规要求。

提交材料后，市场监督管理部门会对申请进行初步审查。如果材料齐全且符合要求，申请将进入详细审核阶段。审核过程可能会涉及现场检查，以确保企业的生产和储存环境符合卫生标准。审核通过后，申请人将获得食品经营许可证。该许可证需要定期进行检查、备案和报告，以确保持续符合相关规定。

为了确保食品质量和安全，申请人需要严格遵守相关法律法规。这不仅包括在申请许可证时提供的材料，还包括日常经营中的食品安全管理措施。企业应建立健全的食品安全管理制度，确保从原料采购、加工生产到储存销售的每一个环节都符合国家和地方的相关规定。

此外，食品经营许可证的有效期一般为一定年限，具体时间根据当地法规而定。在许可证到期前，企业需要提前准备相关材料，再次向市场监督管理部门申请续期。在续期过程中，企业还需证明其在过去的一段时间内一直遵守相关规定，没有发生食品安全事故。

总之，办理食品经营许可证并确保其有效，需要企业具备良好的食品安全意识和管理能力。通过严格遵守相关规定，企业不仅能合法经营，还能赢得消费者的信任，促进业务的长期发展。