网店食品经营许可证的办理流程如下：
1、在网上或窗口提交申请资料；
2、通过申请后，相关部门组织人员进行经营场所现场核查；
3、现场审查后出具审核意见，并报送审核环节；
4、规定工作日后作出审批结论；
5、根据审批意见或结论，生成相应的文书；
6、结果公示、送达，申报人领取办理结果文书。
网店食品经营许可证的办理条件：
1、申请人应具备法人资格或者自然人资格；
2、有固定的经营场所和适宜的经营设施；
3、有与经营的食品品种、数量相适应的技术人员和其他人员；
4、有必要的食品安全管理制度和食品安全操作规程；
5、有食品安全事故的应急处理措施；
6、有符合国家食品安全标准的供货商和进货查验记录；
7、有保证食品安全的设施和条件，如冷藏、冷冻、防尘、防虫、防鼠、防毒等设施；
8、有符合国家规定的食品质量检验设施或者措施；
9、有符合国家规定的健康管理制度。
综上所述，网店食品经营许可证的办理流程包括提交申请资料、现场核查、审查意见报送、审批结论、生成文书、结果公示和领取办理结果文书等步骤。
【法律依据】：
《食品经营许可管理办法》
第十二条
申请食品经营许可，应当向申请人所在地县级以上地方食品药品监督管理部门提交下列材料：
（一）食品经营许可申请书；
（二）营业执照或者其他主体资格证明文件复印件；
（三）与食品经营相适应的主要设备设施布局、操作流程等文件；
（四）食品安全自查、从业人员健康管理、进货查验记录、食品安全事故处置等保证食品安全的规章制度。
利用自动售货设备从事食品销售的，申请人还应当提交自动售货设备的产品合格证明、具体放置地点，经营者名称、住所、联系方式、食品经营许可证的公示方法等材料。申请人委托他人办理食品经营许可申请的，代理人应当提交授权委托书以及代理人的身份证明文件。