这是国税评估部门根据你申报的数据用后台计算机软件根据一定的公式和行业税负等因素筛选出税负偏低、费用不合理等问题。
但你的问题很奇怪，收入偏低、生存规模与申报增值税收入不匹配是个很奇怪的说法。企业的收入高低与市场关联和个体的经营状况关系比较大，因此很少把这个作为异常来提出。
回复建议：受市场影响、环境影响、业务量比较少，经营出现一定困难或是因为一些原因业务量有所萎缩或减少（具体你自己根据实际情况来说），未有不申报收入的情况。

其实公司收入转入个人户头，再由个人户头转入公司账户，如果在一个纳税年度内一般问题不大。
如果跨年就会有一定的风险。对于个人如果为超过一年，基本没有什么影响。
以上内容希望对您有所帮助谢谢

税务稽查时，如果是一般纳税人，主要查的指标是企业在这个行业的税负是否正常，税负的标准可以去税务网站查看，有各个行业的标准。税负如果是合理情况下对于正常标准不会处罚和补税的，所说的合理就是取得的1，1进项税合理，2，销售成本不低于进货成本。稽查时都有抽查的，如果销价低于进价，进项税要做转出的。你说的没错毛利率也是查账的一个方面。还有存货是补交增值税的依据，稽查来了如果你的税负没有问题，他们会要查看你的存货，要用实际的存货与你的账面相比较，如果存货少于账面，差额要补增值税的，补交的增值税要有滞纳金，罚款看情况来定了，补交的增值税不会产生所得税。
记着，税务稽查没有单独去查你的收入的，要想查你是否有少作收入，就是我说的用稽查你的存货就可以知道了。他们查账都是通过其他一些现象来找出问题的，要灵活的考虑他们的查账方法。