为了强化对增值税专用发票和其他抵扣凭证的管理，2004年9月20日总局下对增值税抵扣凭证审核检查的有关问题予以明确。在明确相关问题之后，当然要解决增值税抵扣凭证异常存在的问题，因此，小编针对异常凭证给出了一些处理方法，希望大家能对于增值税抵扣凭证有一个正确的认识。

异常增值税抵扣的几种情况：

1、走逃（失联）企业的异常凭证

2、税收风险分析评估中发现的异常凭证

3、发票开具和纳税申报数据监控发现的异常凭证

4、非正常户的失控发票

5、稽核比对结果的异常抵扣凭证

对于以上异常增值税抵扣凭证的处理方法如下：

1、对辅导期新办商贸企业一般纳税人按照国税发明电〔2004〕37号文件的规定实行“先比对后抵扣”。主管国税机关对比对结果为“相符”的增值税抵扣凭证可允许其申报抵扣，对比对结果异常的增值税抵扣凭证应进行审核检查。审核检查结果为第一类技术性错误原因造成比对异常的，经过技术处理后允许其申报抵扣；审核检查结果为第二类问题的，不允许其申报抵扣，由管理部门依有关规定进行处理；审核检查结果为第三类问题的，不允许申报抵扣，移交稽查部门立案查处。

2、对新办商贸企业以外的一般纳税人比对异常的增值税专用发票按现行规定处理；比对异常的其他抵扣凭证，必须先进行审核检查，再依有关规定分别进行处理。审核检查结果为第一类技术性错误原因造成的比对异常的，经过技术处理后允许其抵扣；审核检查结果为第二类问题的，管理部门再依有关规定分别进行补税、加收滞纳金、罚款；审核检查结果为第三类问题的，移交稽查部门立案查处。

关于审核检查流程和方法

1、抵扣方主管国税机关的审核检查

对比对“不符”、“缺联”、“属于作废”的增值税专用发票和比对“不符”、“缺联”和“重号”的其他抵扣凭证，由抵扣方主管国税机关管理部门进行审核检查。

（1）如果经抵扣方主管国税机关审核检查，即可查明“不符”、“缺联”、“属于作废”、“重号”原因，而不需再由开票方主管税务机关（海关代征进口增值税专用缴款书为海关代征进口增值税专用缴款书入库地国税机关所属计统部门）继续审核检查的，按照国税发〔2004〕119号文件规定的不同情况依有关规定分别进行处理。

（2）如果属于抵扣联采集录入等技术性错误的其他抵扣凭证，进行修改后经人工比对两联相符，将“比对相符”的信息汇总上报；进行修改后经人工比对两联仍不符的，将修改后的信息交开票方主管税务机关管理部门继续审核检查。

（3）如果需由开票方主管税务机关继续审核检查的，交由开票方主管税务机关管理部门继续审核检查。

2、开票方主管税务机关管理部门对抵扣方主管国税机关转来信息的审核检查

（1）如果不属于存根联（包括海关代征进口增值税专用缴款书第五联，下同）采集录入等技术性错误，将结果反馈抵扣方主管国税机关。

（2）如果属于存根联采集录入等技术性错误的其他抵扣凭证，进行修改后经人工比对两联相符的，或进行修改后两联仍不符的，将信息反馈抵扣方主管国税机关；如果属于误操作等原因的增值税专用发票，将信息反馈抵扣方主管国税机关。税务机关误操作的还应出具书面证明。

（3）对由于开票方原因造成比对异常的，由开票方主管税务机关管理部门按照国税发〔2004〕119号文件规定的不同情况依有关规定分别进行处理。

3、抵扣方主管国税机关对开票方主管税务机关已经审核检查的增值税抵扣凭证，根据其返回的审核检查结果确定比对异常原因，按照不同情况依有关规定分别进行处理。在排除税务机关技术、误操作等原因造成的稽核比对异常发票后，如需进一步检查的，由抵扣方主管国税机关稽查部门继续检查。

以上就是当纳税人出现增值税抵扣凭证异常的时候税务机关的处理方法，不知道大家看完有没有明白，总之就上述而言，纳税人是否允许申报抵扣是要视情况而定的，需税务机关审查，如果出现不符合情况的异常凭证是会受到惩罚的，因此各纳税人在这一方面还需注意，如果对于此问题你还有不清楚的地方可联系淘钉财税客服进行咨询。

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