申请食品经营许可证的流程如下：提交办理申请（可以到窗口提交申请也可以直接在网上提交）；提交材料，材料受理之后，需要现场核查的配合监管部门进行现场核查；领证。申请食品经营许可证需要的材料：食品经营许可申请书；营业执照或者其他主体资格证明文件复印件；与食品经营相适应的主要设备设施布局、操作流程等文件；食品安全自查、从业人员健康管理、进货查验记录、食品安全事故处置等保证食品安全的规章制度。
1、申请人登录区食品药品监督管理局，在“办事指南”中下载《食品经营许可申请书》或登录省级食品经营许可管理系统网上申请,填写《食品经营许可申请书》并附相关申请材料。
2、到区政务服务中心食药监管局窗口或区各辖区食品药品监督管理所办证窗口递交申请材料。
3、窗口工作人员按规定对申报材料进行审核，决定是否予以受理。材料齐全、符合法定形式的，予以受理;申请材料存在可以当场更正的错误的，允许申请人当场更正;申请材料不齐全或者不符合法定形式的，应当场或者在五个工作日内一次性告知申请人需要补正的全部内容。
4、区食品药品监督管理局或食品药品监督管理所按照审查审批权限，依据《四川省食品经营许可审查细则》，进行现场核查，出具现场核查报告。
5、符合条件的，依法作出准予许可的书面决定;不符合条件的依法作出不予许可的书面决定，在说明理由的同时，告之申请人享有依法申请行政复议或提起行政诉讼的权利。
6、申请人到区政务服务中心食品药品监督管理局窗口或所属辖区食品药品监督管理所窗口领取《食品经营许可》，或不予许可决定书。
申请食品流通许可证要提交什么材料？
1.《食品流通许可申请书》；
2.《名称预先核准通知书》复印件；
3.经营场所合法使用的有关证明；
4.负责人的身份证明；
5.委托书以及委托代理人或者指定代表的身份证明；
6.食品安全管理制度；
7.与其经营活动相适应的食品经营设备清单；
8.提供食品从业人员健康证和卫生法规培训证复印件；
9.申请乳制品项目的经营者，还应提交开户行证明和书面声明等；
10.专职或者兼职食品安全管理人员的身份证明（初中以上学历证明和培训合格证明）；
11.工商部门要求提交的其他材料。
【法律依据】
《中华人民共和国食品经营许可管理办法》
第九条
申请食品经营许可，应当先行取得营业执照等合法主体资格。
企业法人、合伙企业、个人独资企业、个体工商户等，以营业执照载明的主体作为申请人。
机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位、企业等申办单位食堂，以机关或者事业单位法人登记证、社会团体登记证或者营业执照等载明的主体作为申请人。